Indikasjon
Helgenomsekvensering utføres kun på et utvalg av luftveisprøver med påvist SARS-CoV-2 RNA og i tilfeller der rekvirent spesielt ber om det (se rutiner for rekvirering under).
Følgende kritiske varianter (Variants of Concern -VoC) blir undersøkt (WHO/Pangolin klassifikasjon):
- Alfa/B.1.1.7
- Beta/B1.351
- Gamma/P1
- Delta/B1.617.2
- Omikron/B.1.1.529
- Andre kritiske varianter under spesiell observasjon (varierer over tid), se FHI Ukerapporter
Prøvemateriale
Prøve der SARS-CoV-2 er påvist.
Rekvirering
Ved ønske om sekvensering av prøve med påvist SARS-CoV-2, ring viruslege (8-16 på hverdager): 90 15 77 30 eller evt Seksjon for utvikling: 22 11 88 47.
Undersøkelsesprinsipp
Helgenomsekvensering (Swift-protokoll) med påfølgende tolkning ved hjelp av oppdaterte sekvensbibliotek
Utførende laboratorium
Avdeling for medisinsk genetikk (teknisk utførelse og tolkning)
Avdeling for medisinsk mikrobiologi (ekstraksjon, tolkning og utsvaring av prøver)
Svar
Utført/Inkonklusivt/Ikke utført.
Aktuelle variant angis når påvist.
Svartid
5-7 dager etter påvist SARS-CoV-2 RNA.
Tolkning
Helgenomsekvensering er avhengig av at det er nok virus i prøven og at disse lar seg sekvensere.
Følgende svar kan bli gitt ut:
| Svar | Tolkning |
| Utført | Analysen var vellykket. SARS.-CoV-2 isolatet tilhører lineage* som angitt |
| Inkonklusivt | Analysen mislykket grunnet for lite virus i prøven. Bestemmelse av lineage* derfor ikke mulig |
| Ikke utført | Analysen ikke utført grunnet for lite virus i prøven eller manglende prøvemateriale. |
*Lineage angir hvilken virusvariant som foreligger i Nextstrain/Pagolin klassifikasjonen og kan ha betydning i smitteoppsporing. For detaljer, se lenker under og foreliggende oppdatert litteratur.
